自中國新專利法於2009年10月1日開始實施以來，其中最受廣大台商關心的就屬專利法第20條的保密審查相關規定，根據該條款規定：凡是在中國境內完成的發明或實用新型專利均將受到約束，但中國境內係不包含港、澳、台三地。無論發明人是中國公司或外國公司（例如台商）約雇的員工，且無論員工之國籍或職務，只要是在中國完成的即受到約束。反觀，若是中國人在中國以外地區（例如台灣）則不受到此條款約束。如果該發明申請案係由多國共同研發完成，則根據權利要求或技術方案來判斷核心技術的實質貢獻的完成地點來決定。此外，若台商在中國研發的技術不打算在中國提出申請，而是希望直接向台灣或美國等國家直接提出申請，但由於發明地點受該條款約束，在對中國以外的國家提出申請前仍要向中國專利局提交「向外國申請專利保密審查請求書」及中文的「技術方案說明書」，且技術方案說明書應當與向外國申請專利的內容一致。
當違反專利法第20條規定時，無論是在初步審查、實質審查或無效程式中發現申請人有違法之行為，將不授予專利或宣告被授予的專利權無效，若洩密情節重大者則可能被以中國大陸刑法「洩漏國家秘密罪」處理，其後果將難以彌補和無法補救。如果申請人已向中國以外地區提出申請，申請人仍可在該專利案被公開前及時撤回該專利申請案，以使該技術未在國外公開，則不會被視為違反該保密條款規定。對於上述專利法規定，「中華人民共和國專利法實施細則」在2010年1月9日的第二次修訂中對於專利申請需要保密的審查範圍及其方式做了兩項修改：
將原由中國國務院有關主管部門決定專利申請是否需要保密，改由「中國專利局」審查決定。
將原僅針對發明專利進行保密審查，擴大為對「發明及實用新型專利」申請均進行保密審查。
此外，「專利審查指南」的第五部分第五章也增修相關「向外國申請專利」之保密審查的內容，以明確解釋實施細則的相關內容。首先，專利法及實施細則規定之「向外國申請專利」是指向外國國家或外國政府間專利合作組織設立的專利主管機構提交專利申請；而「向有關國外機構提交專利國際申請」是指向作為PCT受理局的外國國家或外國政府間專利合作組織設立的專利主管機構或世界知識產權組織國際局提交專利國際申請。專利審查指南對於向外國申請的請求模式的相關修改如下：
對於準備直接向外國申請專利的保密審查請求，其申請文件應當包括向外國申請專利保密審查請求書和技術方案說明書。
對於申請專利後擬向外國申請專利的保密審查請求，申請人僅需在提交專利申請時或提交專利申請後提交向外國申請專利保密審查請求書即可。
向中國的PCT受理局提交國際申請，即視為同時提出向外國申請專利保密審查請求。
但需要注意的是，只有中國籍的申請人向中國知識產權局提交的國際申請，才視為同時提出向外國申請專利保密審查請求。而外國公司（例如台商）在中國境內完成的發明，如果申請人以台商名義向中國專利局提交申請時，由於申請人資格問題，中國專利局將不予審理，而是將文件轉交國際局，且不屬於已提出保密審查請求。因此，台商必須單獨向中國之PCT受理局申請專利保密審查請求書和專利說明書，再將該專利保密審查請求書及專利說明書送交中國專利局受理，並經過保密審查許可後才得以遞交國際申請。申請人在請求遞交日起4個月內未收到保密審查意見通知，或6個月內未收到保密審查決定，即可向外國申請專利。
若一國際申請案經初審程式審查委員認定該申請案是不需要保密的，審查員會直接發出國際申請號及國際申請日通知書，但不會另外單獨發送保密審查通知書，表示收到國際申請號及國際申請日通知書時申請人即可提出國際專利申請。反之，當審查委員認定該國際申請案需要保密，審查員應當自申請日起三個月內發出因國家安全原因不再傳送登記本和檢索本的通知書，通知申請人和國際局該申請將不再作為國際申請處理，終止國際階段程序。申請人收到上述通知的，不得就該申請的內容向外國申請專利，但可以在中國提交保密申請。
經過這次「專利審查指南」的修改，給予專利法有關的保密審查條款有較明確的解釋，但在台灣與中國之間尚未有明確的專利協商決議之前，應先依照上述的規定執行，以免未來台商在中國的申請權益受損，我們將持續關注相關公告。
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