智慧財產法院審理智慧財產權有效性時，無須等待行政判決結果而暫停訴訟程序
經濟部智慧財產局審查特許之智慧財產權，例如：專利權等，其授與及剝奪，傳統上均認為係屬行政之專權事項，其正確性之審查，應依行政爭訟程序處理。故在侵權訴訟中，如當事人提出專利權有效性抗辯時，普通民事法院往往裁定停止所審理的訴訟，等待行政爭訟確定結果，但亦因此衍生拖延普通民事法院終結訴訟之時程，不能及時對智慧財產權作有效之保護。為此，智慧財產案件審理法第16條第1項特別明定：「當事人主張或抗辯智慧財產權有應撤銷、廢止之原因者，法院應就其主張或抗辯有無理由自為判斷，不適用民事訴訟法、行政訴訟法、商標法、專利法、植物品種及種苗法或其他法律有關停止訴訟程序之規定」，明確宣示於民事侵權訴訟中，智財法院就智慧財產權有無應予撤銷或廢止原因之爭點，具有判斷之權限，不得以其民事訴訟之裁判，須待行政處分或行政爭訟程序之結果為據，而裁定停止訴訟程序。簡言之，相較於普通民事法院，智慧財產民事法院對侵權訴訟之審理應可更為快速。
智慧財產法院審理智慧財產權有效性之訴訟效力僅及於訴訟雙方，法院不得逕行宣告智慧財產權之無效
基於權力分立原則，智慧財產權之授與及剝奪權限係專屬於行政權，司法對於行政權之行使，僅得為適法性之監督。因此，審理智慧財產事件之民事法院縱使判斷商標、專利權確有應撤銷或廢止之原因，但商標權、專利權之撤銷或廢止，仍屬行政專權事項，智慧財產民事法院無從於判決中逕行宣告其權利無效，此一立場不因審理法第16條第1項之制定而有更動。
又，審理法第16條第2項明定：「法院認有撤銷、廢止之原因時，智慧財產權人於該民事訴訟中不得對於他造主張權利」，其意義係指智慧財產民事法院僅能認為智慧財產權有撤銷、廢止原因，但不得逕行宣告智慧財產權之無效，此一判斷原則上亦僅於該訴訟發生相對之效力，並不阻止智慧財產權人於其他訴訟仍得主張其權利。
此外，依審理細則第29條規定：「智慧財產民事訴訟當事人，就智慧財產權之效力或有無應撤銷、廢止之爭點，提起獨立之訴訟，或於民事訴訟中併求對於他造確認該法律關係之判決，或提起反訴者，與本法第十六條規定之意旨不符，法院應駁回之。」因此，訴訟當事人不得以上述基於特許而取得之智慧財產權之有效性爭議，依起訴、追加或反訴之方式作為獨立之訴訟標的，請求法院於裁判主文中判斷。
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