建立專利權的邊境保護措施，在許多國家中早已行之有年，如大陸與南韓等都已經相關規範。所謂的專利邊境保護措施，意指廠商認為自身專利遭到侵權之虞，可向政府申請將侵權產品查扣在海關，以避免侵權產品流入市面產生更大損害。立法院於103年1月三讀通過專利法增訂邊境保護措施條文，自3月24日起正式施行，作為配套保護措施的「海關查扣侵害專利權物實施辦法」亦由經濟部與財政部會銜於同日發布施行。
以往若要對專利侵權物在海關執行查扣，必須等到法院的裁判出來才能執行，新通過的條文，當專利權人繳交保證金後，即可在邊境擋下進口的侵權貨物。此外，以往若要擋關，必須由專利權人提供貨物進出口具體時間、地點、運輸工具、航班、航次等資料，海關才會配合執行，但實務上，專利權人不可能完全掌握這些貨物的充分具體資訊，專利權人通常無法扣到貨物。
在邊境保護措施啟動後，專利權人對進口貨物有侵害其專利權之虞，提供相當於海關核估該進口物完稅價格之保證金或擔保並檢附下列資料後，即可申請查扣：一、專利權證明文件，若為新型專利權者應檢附新型專利技術報告，二、申請人之身分證明、法人證明或其他資格證明文件影本，三、侵權分析報告及足以辨認疑似侵權物之說明，並提供疑似侵權物貨樣或照片、型錄、圖片等資料及其電子檔，四、足供海關辨認查扣標的物之說明，例如：進口人、統一編號、報單號碼、貨名、型號、規格、可能進口日期、進口口岸或運輸工具等。此外，前述申請如由代理人提出者，須附委任書。
海關受理查扣之申請，即通知申請人，經審核通過進行查扣後，即以書面通知申請人及被查扣人，且申請人於海關書面通知查扣之翌日起十二日內，亦應依規定就查扣之疑似侵權物提起訴訟並通知海關，如於實施查扣前已提起訴訟者，亦應通知海關，另須注意的是，查扣物經法院確定判決不屬侵害專利權之物者，申請人應賠償被查扣人因查扣或提供保證金所受之損害。
但若有下列情形之一，海關即廢止查扣： 一、申請人於海關通知受理查扣之翌日起十二日內，未就查扣物為侵害物提起訴訟，並通知海關者，二、申請人就查扣物為侵害物所提訴訟經法院裁判駁回確定者，三、查扣物經法院確定判決，不屬侵害專利權之物者，四、申請人申請廢止查扣者。五、被查扣人可提供核估價格二倍之保證金或相當之擔保，向海關書面申請廢止查扣，海關得取具代表性貨樣後，再依進口貨物通關規定辦理。
申請人或被查扣人若要向海關申請返還保證金或擔保，檢附下列文件且敘明其事由即可申請：一、法院判決書及判決確定證明書或與法院確定判決有同一效力之證明文件影本，二、達成和解之和解書影本，三、已定二十日以上之期間，催告他造行使權利而未行使之證明文件影本，四、他造同意返還之證明文件影本。
透過上述的邊境保護措施，我國廠商即可依法要求進口禁令，將疑似侵權品擋在海關，可望替我國廠商在專利攻防，增添一大利器。
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