著作權與專利權都是智慧財產權的一部份，但是一般人常會將兩者當作是相同的東西，而影響到本身的權益。因此以下歸納出三點供能馬上就清楚的明瞭兩者之間的差別：
著作權主要在保護「精神方面的創作」，例如文學、科學、藝術或其他學術領域的作品。專利權主要在保護「產業方面的技術」，例如物品的製作方法、形狀、構造、裝置或外觀等。
著作權是在著作完成的時候立即發生的權利，即在創作者完成一項著作時，就這項著作立即享有著作權，而受到著作權法的保護。也就是說著作人享有著作權，係不須要經由任何程序，當然也不必登記。專利必需向相關機構（智慧財產權局）提出申請，且經其核准才享有專利權，而受到專利權的保護。而且專利權是「屬地主義」，想要在哪國買賣，就要先取得當地專利權。
著作權的一般正常年限為著作人之生存期間及其死亡後五十年。（死亡後公開、共同著作另有規定）。專利權的年限各國皆有不同。就台灣而言，發明專利自申請日起算二十年、新型專利自申請日起算十年、新式樣專利自申請日起算十二年。
今舉例一論文來說：
某甲發現一個可使電池的使用壽命增長一百倍的技術，但是某甲僅只是將該技術以論文的方式公諸於世，而未申請專利。然後一年後某乙將該技術拿去製作出該種電池商品，並大量販賣。那麼某甲可以告某乙侵害著作權或專利權嗎?答案是：某甲可以告某乙侵害著作權，但是一定會敗訴的。因為著作權僅及於該著作之「表達」，而不及於其所表達之「思想、程序、製程、系統、操作方法、概念、原理、發現」。同様的，某甲也可以告某乙侵害專利權，但是一定也會敗訴的。因為某甲並未申請及取得專利權。因此，為避免上述例子的情形，某甲想要保護其權益之最好的方式，就是在發佈論文時，先提出專利的申請。
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